Il corso si propone di fornire conoscenze di base sui linguaggi di
programmazione ad alto livello, e capacita' di utilizzare, modificare e
sviluppare programmi in linguaggio R per applicazioni in ambito
bioinformatico.
In particolare, alla fine del corso gli studenti dovrebbero acquisire:
- Conoscenze di
base sui linguaggi di programmazione ad alto livello
- Capacità di sviluppare semplici programmi secondo il
paradigma di programmazione imperativo ed object oriented
- Capacità di modificare ed utilizzare librerie
software per
sviluppare applicazioni in ambito bioinformatico
Programma del corso:
0. Introduzione.
Linguaggi di programmazione a basso ed alto livello. Linguaggi
interpretati e compilati. Linguaggi di programmazione per la
bioinformatica.
1. Il linguaggio di
programmazione R:
- Identificatori e variabili; tipi di dati base; operatori,
espressioni e istruzioni
- Strutture dati fondamentali in R: vettori, fattori,
matrici, array, liste, data frame ed environment
- Strutture di controllo del flusso di esecuzione: istruzioni
condizionali, iterazioni
- Funzioni e script
- Operazioni di I/O
- L'ambiente grafico di R
- Package ed "estensioni" del linguaggio R
- Programmazione object oriented in R.
2. Analisi di dati
bio-molecolari con R:
- I package di Bioconductor
- Pre-processing di dati di microarray
- Analisi dell'espressione differenziale con dati di
microarray
- Clusterizzazione di dati di espressione genica
- Tecniche di visualizzazione di dati biomolecolari complessi
- Analisi delle delle relazioni tra dati di espressione e di
interazione
proteina-proteina
- Integrazione di dati bio-molecolari eterogenei per la
predizione di classi funzionali di geni
- Supporto alla diagnostica bio-molecolare ed analisi della
sopravvivenza
di pazienti oncologici.
Bibliografia:
- G.Valentini Il
linguaggio di programmazione R: slide del corso
- R. Gentleman, R
Programming for Bioinformatics, CRC/Computer Science & Data
Analysis Volume 12, Chapman & Hall, 2008.
- R. Gentleman, V. Carey, W. Huber, R. Irizarry, S. Dudoit, Bioinformatics and Computational Biology
Solutions Using R and Bioconductor, Springer, 2005.
Periodo di svolgimento, orari e sede del corso:
Periodo: 2 marzo - maggio 2009
Aula informatica Via Celoria 20, Milano
Lunedi ore 10.30-13.30
Mercoledi ore 13.30-16.30
Slide del corso:
Un articolo di
John Chambers,
introduttivo alla programmazione object-oriented in S:
Classes and
Methods in the S language
Script di esempio in R:
Link utili:
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